神々の闘いはまだ終わってはいなかった…。反転世界の主・ギラティナ、ディアルガ、氷河の奥で眠る巨大ポケモン・レジギガス…。ついに、ポケモン試乗最大のバトルが巻き起こった！
物語の鍵を握る感謝ポケモンのシェイミが映画で初登場！
可愛くてちょっぴり生意気なシェイミに導かれて、サトシとピカチュウたちの新たなる冒険の旅が始まる！